A templomot a bányászok védőszentjének, Szent Borbálának a tiszteletére építették. Az építkezés szakaszosan haladt, olyan ütemben, ahogy a bányászok bevételei lehetővé tették. 1388-tól építkezés megkezdésétől az 1905-ös befejezésig több mint fél évszázad telt el. Az első építész Johann Parler volt, annak a Peter Parlernek a fia, aki a prágai Szent Vitus-székesegyházat építette, tehát a két épület közötti hasonlóság nem véletlen.
A templom legrégebbi részei, a kápolnakoszorú és a szentélykörüljáró a francia székesegyházak mintját követik. Eredetileg három főhajót terveztek, majd a templomot külső hajókkal bővítették. A huszita háborúk kitörésekor az építkezés hatvan évig leállt, de már azelőtt is anyagi nehézségek adódtak és úgy tűnt, hogy az egykor becsvágyó terveket nem tudják megvalósítani. 1482-ben újra beindították az építkezés, ezúttal hazai építőmesterek vezetésével, akik többé-kevésbé tarották magukat az elődeik terveihez.
Valódi áttörést jelentett a prágai mesterek, először Mathias Rejsek, majd utódja a királyi építész Benedikt Ried (Rejt) hatása. Mathias Rejsek kezdetben rajztanár volt Prágában, később a kőfaragócéh tagja lett, és ismert építőmesterré vált. Ő építette a kórus boltívét, befejezte a trifóriumot és számos kőfaragó munkával díszítette a templomot. Utódjának, Benedikt Riednek a megérkezése átfogó változásokoat hozott. Rejt bátran megváltozatta az öthajós koncepciót és csak három hajót tartott meg, amelyeket monumentális boltívvel zárt le, hasonlóan ahhoz az orrtagos megoldáshoz, amelyet korábban a prágai vár Ulászló-termében használt. Ried javaslatai halála után is az építés alapjául szolgáltak.
Ahogy az ezüstbánya jövedelme csökkent, lassan elfogytak az építkezés pénzügyi forrásai és 1588-ban a templomot egy ideiglenes fallal lezárták. Ez akkor történt, amikor a leggazdagabb lelőhelyet, az oseli bányát víz árasztotta el.
1626-ban a templom a jezsuita rend tulajdonába került, akik barokk stílusban alakították át. A templom majdnem 300 évi befejezetlenül maradt. 1884-ben a város újraindította az építkezést, amely 1905-ben fejeződött be.
