A dóm építése 1378 körül kezdődött, és több szakaszra osztható.
Az építkezés első szakasza kb. 1420-ig tartott, öthajós, bazilika típusú épületnek készült.
A második szakaszban változtattak a terven, és a magasabb középső hajóra merőlegesen azonos magasságú kereszthajót építettek, így a kereszt alaprajz szárai közt négy alacsonyabb mennyezetű csarnok jött létre. 1461-ben épült a Mátyás-torony, a királylépcső és a szentség ház. A királyi díszerkély alatt egy 1440-ből származó felirat olvasható, Brandysi Jiskra János hűségesküjével, ez azt tanusítja, hogy az építkezés nagyjából ebben az időben fejeződhetett be. A torony építésének befejezését az ötödik emelet nyugati ablaka fölött 1453-as, a csigalépcsőn az 1462-es évszám árulja el.
Az építkezés 3. szakaszában, Cromer Ágoston, bíró 1467-ben építette a Szent Kereszt-kápolnát, ugyanebben az évben került megépítésre a Mettertia-kápolna.
A város 1491-es ostroma idején az épülő dóm nagy károkat szenvedett, de kijavították, és 1508-ra a szentély is elkészült. A dóm építése 1520 után maradt abba. 1556-ban nagy tűzvész pusztított a városban, a székesegyházat sem kímélte. A lángok elől csak a dóm főoltára és három oltára menekült meg.
Nem csupán azért mert a történelem viharai nyomot hagytak a dómon, hanem azért is, mert 1804-ben létrehozták a Kassai egyházmegyét és az egykori plébánia templom székesegyházi rangot kapott, több felújításon esett át. Ezek közül a leginkább számottevő az 1877 és 1896 közti felújítás volt, ekkor a templomot nemcsak restaurálták, hanem át is építették. Az építkezést Steindl Imre tervei alapján Franz Schmidt irányításával végezték.Az átépítés utolsó szakaszában az északi hajó alá kriptát építettek. 1906-ban itt helyezték örök nyugalomra II. Rákóczi Ferenc, édesanyja Zrínyi Ilona és a fejedelem idősebbik fia, Rákóczi József hamvait. Itt nyugszik még generálisa, tábornagya Esterházy Antal gróf , udvarmestere Sibrik Miklós ezereskapitány, társa Bercsényi Miklós gróf és annak felesége, Csáky Krisztina grófnő.
