A fából faragott barokk főoltárt zömmel Hont vármegye és Koháry István országbíró adományából Hasenmiller János pálos szerzetes tervezte s faragta - András pálos szerzetes segítségével - a hat mellékoltárral együtt 1724 és 1728 között szinte éjjel-nappal.

A szarkofág-idomú stipes mögött kétszintes, hármas tagolású, körbejárható retabulum áll. Ennek hátoldalában Szent Verekundisz és Szent Szeverin ereklyéit helyezte el Berényi Zsigmond püspök a főoltár – egyben a templom – fölszentelésekor, 1729. augusztus 14-dikén. Itt kapott helyet a lengyel püspöki karnak a templom és a magyar nép számára megfogalmazott, márványba vésett 1956-os üzenete is.

A főoltár az 1470-es évek mélyített szekrényű típusába tartozik. 1474. és 1477. között állították fel és készültek festményei. Egykorú Veit Stoss krakkói Mária halála oltárával.

12,5 méter magas, nyitott szárnyakkal 8,1 méter széles. Az oltár részei: szekrény a három főalakkal, predella, oromdísz, két pár szárny összesen 48 táblaképpel. Az oltárszekrény közepén Madonna-szobor karján a gyermek Jézussal (247 cm magas), jobbján Erzsébet, Keresztelő Szent János anyja (191 cm), balján Árpád-házi Szent Erzsébet (194 cm) kezében tálkával és kanállal, a charitas jelképeivel. A szobrok lába alatt domborműves fríz, rajta az öt bölcs és az öt balga szűz. A predellán a sírjából feltámadt Krisztus domborműve látható.

Az oltár szárnyai sarokvassal mozgathatók. A táblaképek egyenként 125 x 80 cm nagyságúak. Három mester alkotása, akiket az utókor erről a művükről elnevezve azonosít. Teljesen kinyitva Árpád-házi Szent Erzsébet élete elvenedik meg 12 táblán. A belső szárnyakat behajtva a passió 24 jelenete válik láthatóvá (nagyböjti időben), a külső szárnyak Mária életéből vett jeleneteket ábrázolnak (adventkor láthatók, mikor az oltár csukva van).